3年実習2015

比較モデリング

比較モデリングのターゲット蛋白質のアミノ酸配列

昆虫の脱皮ホルモンEcdysoneの受容体(Ecdysone receptor)の配列です.

GSHMASMTGGQQMGRDPKNVPPLTANQKSLIARLVYYQEGYEQPSEEDLKRVTQTWQSDE
DDEDSDMPFRQITEMTILTVQLIVEFAKGLPGFSKISQSDQITLLKACSSEVMMLRVARR
YDAATDSVLFANNQAYTRDNYRKAGMAYVIEDLLHFCRCMYSMMMDNVHYALLTAIVIFS
DRPGLEQPSLVEEIQRYYLNTLRVYILNQNSASPRSAVIFGKILGILTEIRTLGMQNSNM
CISLKLKNRKLPPFLEEIWDVADVA


Modellerアラインメント入力テンプレート

この入力ファイルは,他の構造のモデリングに使用した入力ファイルです.本実習のモデリングにあうように,ちゃんとテキストの通りに変更して使用してください.

>P1;1cj5A
structureX:1cj5:3:A:162:A::::
--VTQTMKGLDIQKVAGTWYSLAMAASDISLLDAQSAPLRVYVEELKPTPEGDLEILL
QKWENDECAQKKIIAEKTKIPAVFKIDALNENKVLVLDTDYKKYLLFCMENSAEPEQS
LVCQCLVRTPEVDDEALEKFDKALKALPMHIRLSFNPTQLEEQCHI*

>P1;T0123
sequence:T0123:1::160:::::
VEVTPIMTELDTQKVAGTWHTVAMAVSDVSLLDAKSSPLKAYVEGLKPTPEGDLEILL
QKRENDKCAQEVLLAKKTDIPAVFKINALDENQLFLLDTDYDSHLLLCMENSASPEHS
LVCQSLARTLEVDDQIREKFEDALKTLSVPMRILP--AQLEEQCRV*


Modellerコマンド入力テンプレート

この入力ファイルは,他の構造のモデリングに使用した入力ファイルです.本実習のモデリングにあうように,ちゃんとテキストの通りに変更して使用してください.

from modeller import *
from modeller.automodel import *

env = environ()
a = automodel(env, alnfile='file.aln',
              knowns='model1', sequence='model2')
a.starting_model = 1
a.ending_model = 1
a.make()


実習で使用するサイト


レポート

以下の内容を含むレポートをWordで作成し,添付ファイルとして提出先メールアドレスまで送ってください.グラフなどの図は,可能なものはWordファイル中に埋め込んでください.無理な場合は,Wordファイルとともに添付ファイルとして送ってください.

レポートのファイルだけでなく,メール本文にも,必ず氏名と学籍番号を記入してください.

  • メール
    • 題名:モデリング実習
    • 本文:氏名と学籍番号を記入
  • テンプレート決定までの「結果」と「考察」
    • BLAST, ClustalW, 系統樹
  • 1PQ6をテンプレートとした比較モデリングの「結果」と「考察」
    • ERRATのグラフ
    • RMSD値
    • 残基毎のCα間距離のグラフ
  • 1Z5Xをテンプレートとした比較モデリングの「結果」と「考察」
    • ERRATのグラフ
    • RMSD値
    • 残基毎のCα間距離のグラフ
  • 実習を通した「まとめ」と「考察」


期限

2016年7月31日(日)

提出先

report-nurekilabbs.s.u-tokyo.ac.jp

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メールで提出された方には,ボーナス点がつきます.(メールの使い方がわからない場合は,印刷したものを紙で提出されても結構ですが,ボーナス点はつきませんのでご了承ください.)